自交系血缘分析

制作：张敖 https://datahold.cn

鸣谢

张学才，CIMMYT，指导

瞿静涛，四川农业大学，算法思路

功能

给定一个有基因型的自交系，在众多自交系中找到最接近的可能亲本，推测血缘。亲本可以设置为1个2个或3个，由于计算量巨大，不建议设置为超过3个。用两种算法实现，第一种速度较快，但是会有遗漏；第二种速度可能会很慢，数据量大时可能无法运行。

准备

HMP文件即可，需要将基因型调整到第12列，也就是数据列的第1列。

最新更新

【2020-08-17】

增加国内线路。

【2020-05-06】

完成功能，由于之前的一版由于电脑重做而丢失，重新写了一版。

多之前的算法思路有所改进。

使用方法

复制下面代码，然后在R Studio中运行。第二行和第三行可以修改参数。

海外：

x
rm(list=ls())
method <- "full" # "fast" or "full"
parents <- 3 # 2 or 3
source("https://aozhangchina.github.io/R/guessParents/guessParents.r")   # 加载程序文件，需要联网

国内：

x
rm(list=ls())
method <- "full" # "fast" or "full"
parents <- 3 # 2 or 3
source("https://dataholdcn.cn/R/guessParents/guessParents.r")   # 加载程序文件，需要联网